廣州艾基生物技術有限公司
Guangzhou IGE Biotechnology Co., Ltd.
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技術支持
致力于引進國外先進技術，為廣大科研工作者和醫療機構提供高質量 的科研技術支持 。
全基因組de novo測序常見問題
如何保證組裝結果的可靠性？對于組裝的結果，除了保證Contig N50和Scaffold N50兩項指標外，還需要對組裝質量進行評估。如利用EST數據和RNA數據進行完整性評估，即評估組裝出來的基因的完整性；利用BAC數據檢驗是否有裝斷或裝錯的情況，以及利用保守基因評估（CEGAM評估／BUSCO評估）基因組組裝的完整性。 小片段和大片段的DNA樣品是否需要是一樣的？（Survey和基因組 de novo 所用DNA是否需要一樣的？）原則上進行 Survey 和 de novo 使用的 DNA 是來自一個個體的。如果DNA量不足以滿足整個de novo項目，則建議小片段文庫的DNA必須來自同一個體，大片段文庫使用同一群體的另一個個體。 若樣品提取困難，樣品量不足，有什么辦法…
全基因組甲基化測序常見問題
哪些物種可以研究WGBS?要做全基因組甲基化分析，對物種有以下要求：a. 物種為真核生物；b. 物種具有參考基因組，至少拼接到scaffold水平；c. 具有較為完整的注釋。 全基因組甲基化測序有哪些優勢？在全基因組水平，單堿基分辨率檢出甲基化位點，不僅能夠高精度發現CpG島等常見區域的甲基化水平的變化，還能夠分析gene body區，基因間區等區域的甲基化水平的差異，分析甲基化對染色體的狀態以及基因結構變化的影響，從多維度分析解決生物學問題。
small RNA測序常見問題
沒有參考基因組的物種，可以做small RNA測序嗎？無參考基因組的物種可以開展small RNA測序研究，但是需要先做無參轉錄組拼接轉錄本，以轉錄本作為參考序列用于small RNA測序分析。 已知miRNA分析中，樣品的首位及各位堿基的偏好性統計圖可以說明什么？miRNA前體發育為成熟體的過程是由Dicer酶酶切完成，酶切位點的特異性使得miRNA成熟體序列首位堿基對U具有很強的偏向性,而對G卻排斥，但第二到四位缺乏U，一般來講，除第四個堿基外，其他位置通常都缺乏C。 sRNA測序完成后如何進行實驗驗證?sRNA后續實驗驗證的方法有很多：1. qPCR，驗證microRNA的表達；2. RIP-seq，通過RIP技術富集得到具有甲基化修飾的RNA或與目的蛋白特異結合…
circRNA測序常見問題
用芯片技術和用二代測序技術分析circRNA有什么區別？芯片技術只能檢測已知的circRNA，而且噪音信號比較大，現在對circRNA的研究相對較少，對circRNA的注釋不全面；另外，circRNA的表達具有很強的時空特異性，我們又難以保證實驗處理條件下獲得的數據和數據庫中收錄的數據吻合，因此可能丟失大量特異表達的circRNA；二代測序技術使用先進軟件對樣本中circRNA進行篩選，不僅能分析已知的circRNA，更能獲得新的circRNA，進一步豐富對circRNA的研究。 circRNA與lncRNA的差別是什么？結構上：circRNA沒有自由的5’端和3’端功能上： circRNA功能研究比較單一，現在對于其是否能夠像lncRNA一樣在染色體水平、蛋白 質水平上具有調控作用…
lncRNA測序常見問題
哪些物種可以研究lncRNA？要做lncRNA分析，對物種有以下要求：a. 物種為真核生物；b. 物種具有參考基因組，至少拼接到scaffold水平；c. 具有較為完整的注釋。 lncRNA測序，構建文庫時為什么要去除rRNA？lncRNA中只有lincRNA的3’端帶有polyA結構，其他lncRNA沒有polyA結構，因此，為了獲得更全的lncRNA信息，不建議采用oligo(dT)磁珠富集的方式。 lncRNA靶基因預測是怎么實現的？lncRNA作為調控性RNA，調控靶基因的方式主要有co-location與co-expression。co-location靶基因預測基本原理認為lncRNA的功能與其坐標臨近的蛋白編碼基因相關,于是將lncRNA臨近位置的（上下游100K）蛋白編碼基因篩出來作為其靶基因。co-expression靶基…
16S、18S、ITS等擴增子測序常見問題
擴增子測序諾禾用Ion S5 XL平臺，該平臺有什么優勢？Ion S5 XL所采用的技術為半導體測序，通過半導體芯片直接將化學信號轉換為數字信號。該系統無激光光源，無光學系統，無照相系統；使用無標記的核苷酸及酶進行測序通過對H+ 的檢測，明顯改善堿基判讀準確性。相比Illumina HiSeq PE250，該平臺讀長更長，無需拼接，周期更短。 16S測序哪個區域比較合適？艾基生物提供的幾個測序區域來自文獻調研，但是目前并沒有研究表明哪個測序區域更好。有文章研究表明土壤樣本，16S V4區（515F-806R）比較適合做擴增子研究，可檢測的物種多樣性更豐富，并且可重復性強（PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.）。 若關注環境中的真核微生物多…
微生物重測序常見問題
重測序與基于基因組的變異檢測有何差異？基于基因組的研究，可以比重測序獲得更多變異信息，特別是基因組中高變異的區域，以及部分新基因信息。此外，對于親緣關系較遠的菌株，由于高變區域較多，借助基因組手段效果會更理想。而重測序的優勢主要在于成本方面。對于大量近緣菌株間的進化研究，用重測序結果作為研究基礎是足夠的，可以用同樣的費用獲得更多材料的變異信息。 基于重測序和基于單拷貝基因的進化分析有何差異？進化分析的基本要求，是找到不同基因組之間共有的保守序列，并通過序列間的差異，使用合適的數學模型構建菌株間的進化關系，通過重測序和單拷貝基因都能達到這樣的目的。由于采用的數據集合有所差異，因此個…
宏基因組測序常見問題
土壤樣品制備注意事項？采樣時，去除表面浮土，使用乙醇火燒的鏟子挖取地下5~20厘米的土層,去除可見根后,土壤過2毫米篩網，每個樣品從3個采樣點采集并混合而成,其中樣品量為5g，將采集的土壤樣品保存于無菌離心管中,置于0℃以下，待樣品采集完畢后,運回實驗室，用于抽提DNA，如不能馬上實驗，請將土壤樣品迅速凍存于-20℃冰箱。 糞便樣品制備注意事項？糞便的保存，可放在-80℃，根據經驗，取內部糞便提取基因組最好，但是不易操作。由于糞便自身的特殊性，建議隨時收集隨時保存，以便達到最優的DNA提取效果。 對于宏基因組項目，怎么排除宿主污染？1. 取樣時，盡量不要取靠近組織的部位；2. 提取的時候采用相應的試劑盒；…
細菌基因組de novo測序常見問題
檢測新菌株的變異，通過比較基因組或重測序均可以實現，應該如何選擇？比較基因組和重測序的手段都可以檢測獲得新菌株的變異信息，不過兩種方法在應用場合上還是有一定區別的。一般重測序手段，由于序列讀長限制，為保證比對準確率，一般僅保留相似度95%以上的比對結果，對于變異較大的區域，往往檢測效果不理想。由于細菌進化速率較快，除了個別誘變獲得的菌株外，都存在不同含量變異較大的區域，一般來說比較基因組的變異檢測效果會更加全面一些。考慮到基于細菌框架圖的比較基因組，分析費用與細菌重測序相比增加不多，通常情況下我們都會推薦比較基因組的分析策略。 為何完成圖選擇三代測序平臺？受測序片段長度的限制，細菌…
ChIP-Seq常見問題
哪些物種可以做ChIP-Seq？物種為2倍體，基因拼接至染色體水平（NCBI），注釋完整（GTF文件）即可。 Input和IP樣本之間的關系是什么？Input和IP屬于兩個樣本，在前期檢測、建庫、測序都是平行進行的，但是分析中需要將兩個樣本的測序數據進行整合分析，得出最終的peak結果，并進行后續分析。 Input是什么？有什么作用？我們將DNA或者RNA片段化后，在進行免疫沉淀前，需要取一部分斷裂后的染色質做Input對照（不進行免疫沉淀過程）。Input是斷裂后的基因組DNA或者RNA，需要與沉淀后的樣品DNA/RNA一起經過逆轉交聯，DNA/RNA純化，以及最后的PCR或其他方法檢測。通過后續數據分析，我們可以通過Input對照排除背景噪音（排除因…
外顯子測序常見問題
外顯子測序適用于什么種類的研究？在人類基因中大約有180,000個外顯子，外顯子CDS區大小占人類基因組的1～2%，約30 Mb。人類基因組的蛋白編碼區大約包含85%的致病突變。外顯子組測序主要是針對編碼區進行檢測，所以外顯子組測序主要適用于編碼區潛在變異引起的疾病研究。測序性價比高，尤其適合高深度、大樣本量的測序，可找出常見突變及低頻突變。主要應用在孟德爾遺傳病及腫瘤等復雜疾病的研究。 外顯子測序可以檢測哪些類型的變異？外顯子捕獲是一個雜交捕獲的過程，探針與不同外顯子區段的雜交效率并不相同，進而不同外顯子區段的覆蓋深度差異較大，因此通常外顯子測序不能用于CNV的檢測。但我們采用國際主流軟件和長期優化的分析…
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